La ermita de San Sebastián de Cintruénigo es una construcción de piedra y ladrillo cuyo origen fundacional parece remontarse al periodo medieval. Está emplazada sobre un importante yacimiento arqueológico, en el cual se han documentado niveles de ocupación que comprenden desde la fase Hierro I (S. VI a. C.) hasta la época Islámica (s. IX). Esto explica que la edificación aparezca levantada sobre un destacado promontorio que se corresponde con un auténtico tell artificial. Su origen medieval vendría avalado por la existencia de un retablo tardogótico que perteneció a dicho templo y en el que aparecen representados sus santos patronos, San Sebastián y Santa Ana. A mediados del pasado siglo, el citado retablo fue vendido a algún coleccionista particular y en la actualidad se desconoce su paradero. Afortunadamente se han conservado varias fotografías en blanco y negro, así como fragmentos pictóricos del guardapolvo del retablo que fueron hallados recientemente en la iglesia parroquial. Está documentada la existencia de una cofradía de origen medieval que era la encargada del mantenimiento del templo. En el año 1629, los cofrades de San Sebastián protagonizaron uno de los acontecimientos históricos destacados de la villa, impidiendo por la fuerza que el retablo tardogótico de la ermita fuera trasladado hasta la iglesia parroquial de la villa de Cintruénigo. También tuvo ermitaños encargados de su limpieza y de pedir limosna. Se celebraban solemnes procesiones anuales desde el pueblo los días 20 de enero y 26 de julio. La edificación ha sido durante las últimas décadas empleada como corraliza para ganado caprino.
El edificio actual es una construcción de planta rectangular formada por muros que combinan un aparejo de hiladas de ladrillo con relleno de mampostería. Los muros longitudinales aparecen reforzados con contrafuertes de cal y canto. A la fase medieval podrían corresponder los restos de zócalo de sillería arenisca conservados en diversos tramos de uno de los muros laterales (lado del Evangelio). La estructura arquitectónica estaba rematada por una cúpula sobre pechina con bóveda de lunetas y en su lado oriental contaba con una espadaña coronada por una cruz que albergaba una campana. En el interior del templo se conservaban pinturas murales que representaban escenas religiosas del santo titular y que decoraban tanto la cabecera como los arcos del techo y los zócalos laterales. Es posible que todavía se conserven camuflados algunos restos pictóricos.
BIC
La ermita está situada sobre un yacimiento arqueológico en el que se han efectuado campañas de sondeos, descubriéndose restos celtíberos, visigodos y de una villa romana. (REMÍREZ VALLEJO, Salvador, «Avance de la segunda campaña de sondeos arqueológicos realizados en la ermita de San Sebastián (Cintruénigo), 2007», Trabajos de arqueología Navarra, Nº 20, 2007-2008, pp. 63-86).
Abandonada y en ruinas.
Ruina progresiva. Hundimiento parcial de la techumbre y desplome del ángulo que conforman los muros septentrional y oriental. Desprendimientos. Acumulación de escombros y basura en el área circundante generada por la actividad ganadera. Expuesta al expolio.