La iglesia de Santo Domingo de Silos fue la primera construida en la ciudad tras la conquista de ésta, en 1341. Según se cree, se asienta sobre una antigua mezquita musulmana. Aunque al parecer la iglesia fue fundada en el siglo XIV, los restos que han llegado hasta nuestros días datan de los siglos XV y XVI.
La iglesia está situada en la ladera sudeste del cerro de la Mota, dentro del recinto de la fortaleza del mismo nombre. La iglesia llama la atención por su tamaño y también por el estado en el que se encuentra. De estilo gótico mudéjar, consta de dos grandes naves rectangulares, con una profunda cabecera, cubierta por una bóveda de crucería en el altar mayor. Tiene una amplia sacristía y una torre de planta cuadrada, posiblemente el antiguo minarete de la mezquita primitiva, en cuyo testero occidental se sitúa el escudo del abad D. Maximiliano de Austria, que llevó a cabo una serie de reformas en el edificio. En su interior existía un retablo del s. XVI, obra de Juan de Ramírez y la familia Sardo Raxis, conservado en la actualidad en la Iglesia de las Angustias.
BIC - Están incluidas en la declaración de la Fortaleza de la Mota como Bien de Interés Cultural.
Proyecto del Patronato de Turismo para restaurarla y convertirla en un Parador Nacional.
Actualmente se encuentra bastante deteriorada, asumiendo los asuntos parroquiales la iglesia de las Angustias. Dicho deterioro se viene dando desde la Guerra Civil, cuando se desmanteló prácticamente entera. Carece de techumbre y el interior se halla invadido por la vegetación. El Ayuntamiento alcalaíno está tratando de recuperar el único ejemplar del gótico que se conserva en Alcalá la Real.
Derrumbe, expolio.
2013
SOS por Santo Domingo de Silos. Andalucía Información, 31 de octubre
2009
La iglesia de Santo Domingo, la gran olvidada. Alcalá Noticias, 4 de enero