Fundado por el cardenal y obispo de Osma, Don Pedro de Frías en 1402 en las cercanías de las canteras de jaspe de Espejón, alrededor de la ermita de Santa Águeda, donde ya vivían algunos ermitaños. El convento se terminó de construir en el año 1403 y lo habitaron veinticinco monjes de la Orden de San Jerónimo. En 1525 el monasterio pasó a estar bajo el patronato de la casa de Avellaneda. Don Diego de Avellaneda, obispo de Tuy, compró los altares laterales del crucero de la iglesia para construir en ellos el sepulcro de sus padres, don Diego de Avellaneda y doña Isabel de Proaño, y el suyo propio y construyó un palacio de retiro para él y su familia anexo al presbiterio de la iglesia.
El monasterio fue empleado como hospital durante la Guerra de la Independencia conservando la comunidad jerónima hasta la desamortización de 1835.
Según las descripciones de José de Sigüenza y Pascual Madoz, tenía dos claustros: uno para los monjes o procesional de estilo herreriano y otro para la hospedería, ambos eran de doble arquería. El edificio contaba, además de las celdas de los monjes, con graneros, corrales y una huerta cerrada.
Sin protección específica
Hacia 1855, las dependencias monásticas estaban en absoluta ruina pero la iglesia se mantuvo en buen estado hasta 1939. Tras la Guerra Civil española, fue demolida, conservándose en la actualidad, tan solo, el muro oeste que cerraba la parte del coro y parte de la cerca que rodeaba las dependencias monásticas. En 1932 el sepulcro renacentista de don Diego de Avellaneda pasó al Museo Nacional de Escultura de Valladolid, el resto está perdido salvo la piedra de cierre de un tercer sepulcro donde se enterró Don Lope de Avellaneda a mediados del siglo XVI.
Derrumbes, riesgo de desaparición total y expolio.