El palacio fue construido en el siglo XVI aunque ampliado en el XVIII. Fue en otros tiempos, un señorío de gran importancia, no sólo en la Cendea de Cizur, si no en toda Navarra. Situado en pleno Camino de Santiago, entre Cizur Menor y Zariquiegui y muy cercano a Pamplona, la silueta del palacio recuerda el pasado glorioso de un lugar privilegiado. La colegiata de Roncesvalles tuvo posesiones durante el siglo XIII. Posteriormente estuvo, como cabo de armería, bajo la protección y dominio del señor de Ayanz y de las generaciones de su linaje que, en el siglo XVII, recibieron el título de condes de Guenduláin. En 1520 el palacio fue saqueado por las tropas franco-agramontesas porque el señor de Ayanz formaba parte de la facción beamontesa que apoyaba a la Corona de Castilla.
La iglesia de San Andrés, del siglo XVII y contigua al palacio, era la iglesia del señorío.
El monumento se puede definir como castillo-palacio, al tener elementos defensivos, propios de construcciones militares de final de la edad media. Es de planta rectangular, se organiza en torno a un patio de planta rectangular y cuenta con dos torres en los ángulos y almenas como elementos defensivos.
la Iglesia de San Andrés muestra mezcla de tendencias estilísticas, algunas tardogóticas como las bóvedas, otras propias del siglo XVII como las columnas de la nave o la torre, y otras incluso del siglo XVIII como la puerta de acceso al interior del templo. Presenta en planta una amplia nave de cruz latina de tres tramos, crucero de brazos rectos y cabecera poligonal. En el interior se encuentra la capilla funeraria de la familia de los condes de Guendulain, que se adosa al brazo del crucero del lado del Evangelio. La nave se cubre con tres tramos de bóveda de terceletes. El crucero lo hace con bóveda estrellada sobre cuatro gruesas columnas. La sacristía se adosa a la cabecera por el lado del Evangelio. Al exterior, muros de buen sillar regular. La puerta de acceso, de estilo barroco del siglo XVIII, es un arco de medio punto enmarcado sobre recuadramientos sobre pilares cajeados y columnas dóricas que apoyan en pedestales. Sostienen un entablamiento con frontón curvo de volutas. La puerta queda protegida por un pórtico de piedra de tres arcadas semicirculares, sostenidas por pilares cuadrados. La torre del siglo XVII se emplaza sobre el tramo de los pies de la nave. La pila bautismal del siglo XVI se encuentra en el sotocoro.
BIC - El palacio esta declarado pero la iglesia carece de protección.
El Palacio en ruinas, cubiertas hundidas, víctima de vandalismo (cubierto de graffitis y otros daños), de la acción del tiempo y de la vegetación. En 2005 sufrió el desplome de uno de sus muros N.O.
La iglesia, también abandonada, en proceso de ruina y víctima de vandalismo.
Degradación progresiva. Riesgo de hundimientos. Vandalismo y expolio. Carecen de entorno de protección específico con el consiguiente riesgo de que se construyan edificaciones en su proximidad al estar en las puertas de Pamplona.
Se han celebrado en el palacio y en la iglesia fiestas clandestinas (fiestas «rave») de jóvenes que han producido muchos daños.
En una operación urbanística impulsada por el Gobierno de Navarra se han recalificado la mitad del coto de Guenduláin (3.000.000 de m2). En lo que concierne al palacio y a la iglesia, aun siendo las apariencias perjudiciales para ellos (y en cierto sentido si lo sería porque dejarían de estar exentos en un interesante paisaje), siempre que se guardara un amplio entorno de protección y se restauraran los dos monumentos a cargo de ese proyecto, la operación urbanística podría ser positiva para ambos.